پیشوای پنجم طی مدت امامت خود، در همان شرائط نامساعد، به نشر و اشاعه حقایق و معارف الهی پرداخت و مشکلات علمی را تشریح نمود و جنبش علمی دامنه داری به وجود آورد که مقدمات تاسیس یک «دانشگاه بزرگ اسلامی» را که در دوران امامت فرزند گرامیش «امام صادق ـ علیه السلام ـ » به اوج عظمت رسید، پی ریزی کرد.
امام پنجم در علم، زهد، عظمت و فضیلت سرآمد همه بزرگان بنی هاشم بود و مقام بزرگ علمی و اخلاقی او مورد تصدیق دوست و دشمن بود. به قدری روایات و احادیث، در زمینه مسائل و احکام اسلامی، تفسیر، تاریخ اسلام، و انواع علوم، از ان حضرت به یادگار مانده است که تا آن روز از هیچ یک از فرزندان امام حسن و امام حسین ـ علیه السلام ـ به جا نمانده بود.[1] رجال و شخصیتهای بزرگ علمی آن روز، و نیز عده‏ای از یاران پیامبر ـ صلی الله علیه و آله ـ که هنوز درحال حیات بودند، از محضر آن حضرت استفاده می‏کردند.
«جابر بن یزید جعفی» و «کیسان سجستانی» (از تابعین) و فقهائی مانند: «ابن مبارک»، «زهری»، «اوزاعی»، «ابوحنیفه»، «مالک»، «شافعی»، «زیاد بن منذرنهدی» از آثار علمی او بهره‏مند شده سخنان آن حضرت را، بی واسطه و گاه با چند واسطه، نقل نموده‏اند.
کتب و مولفات دانشمندان و مورخان اهل تسنن مانند: طبری، بلاذری، سلامی، خطیب بغدادی، ابونعیم اصفهانی، و کتبی مانند: موطا مالک، سنن ابی داود، مسند ابی حنیفه، مسند مروزی، تفسیر نقاش، تفسیر زمخشری، و دهها نظیر اینها، که از مهمترین کتب جهان تسنن است، پر از سخنان پرمغز پیشوای پنجم است و همه جا جمله: «قال محمد بن علی» و یا «قال محمد الباقر» به چشم می‏خورد.[2] کتب شیعه نیز در زمینه‏های مختلف سرشار از سخنان و احادیث حضرت باقر ـ علیه السلام ـ است و هر کس کوچکترین آشنایی با این کتابها داشته باشد، این معنا را تصدیق می‏کند.