دوران امامت امام محمد باقر ـ علیه السّلام ـ مصادف با ادامه فشار های خلفای بنی امیه و حکّام آنها بر شیعیان عراق بود. عراق مرکز اصلی شیعه محسوب می گردید.
شیعیان هر ساله در مراسم حج، با امام تماس داشتند. این تماس ها معمولاً یا در مکه و یا در بازگشت و عبور از مدینه، صورت می گرفت. با توجه به برخی اخبار، مردم عراق از رفتن نزد امام باقر ـ علیه السّلام ـ در میدنه، نهی شده بودند. [1] مشکل «غُلات» در این دوران، یکی از مشکلات برای شیعیان بود. شمار این گروه رو به فزونی بود. وقتی که امام ـ علیه السّلام ـ آنها را از خود طرد کرد، اصحاب آن حضرت نیز «غُلات» را از جمع خود بیرون راند. «مغیره بن سعید» و «بیان بن سمعان»، که هر دو از معروفترین شخصیت های غالیان و از رهبران آنها بودند، توسط اصحاب امام باقر ـ علیه السّلام ـ تکفیر شدند.
تأکید امام باقر ـ علیه السّلام ـ به عمل گرایی شیعیان، به طور غیر مستقیم، در مقابل تمام فرقه هایی که به عمل صالح اعتنایی نداشتند، صورت می گرفت.
بسیاری از شیعیان عراق در اثر فشار و اختناق موجود، انتظار داشتند که امام ـ علیه السّلام ـ به عراق آمده و دست به شمشیر ببرد. ولی امام باقر ـ علیه السّلام ـ مأمور به تقیه بود. لذا، برخی از آنها نسبت به امامت آن حضرت دچار تردید گشتند. آگاهی کافی درباره امامت به آنها نمی رسید و به همین جهت گروهی به «زید» برادر امام گرویدند و انشعابی را بوجود آوردند. هر چند زید هفت سال زودتر از برادرش، در کوفه وفات یافت. اما در همین دوره و پس از آن ریشه های گرایش به زید در میان شمار زیادی از شیعیان رشد کرد.
مخالفت با مصالح «امویان» موجب اختلافات کمتری در میان شیعیان می گشت. اما به موازات فروکش کردن فشار های سیاسی برآنان، مسئله «غُلات» به تدریج دامنه بیشتری گرفت؛ به طوری که مسأله مهم در زمان امام صادق ـ علیه السّلام ـ مسأله «غُلات» محسوب می گردید. فشار امویها، جز در دو سال حکومت «عمر بن عبد العزیز»، (از سال 99 تا 110) در تمام دوران حکومت آنان به شدت ادامه داشت.