نماز مسجد جمکران چهار رکعت می باشد
دو رکعت اول:
به نیت نماز تحت مسجد است، در هر رکعت آن یک حمد و هفت بار (قل هوالله احد) خوانده می شود و در حالت رکوع و سجود هم هفت مرتبه ذکر را تکرار کنند .
دو رکعت دوم:
به نیت نماز امام زمان علیه السلام خوانده می شود، بدین صورت که سوره حمد را شروع کرده و آیه (ایاک نعبد و ایاک نستعین) صد مرتبه تکرار می شود و بعد از آن، بقیه سوره حمد خوانده می شود، و سپس سوره (قل هو الله احد) را فقط یک بار خوانده و به رکوع رفته و ذکر (سبحان ربى العظیم و بحمده) هفت مرتبه، پشت سر هم تکرار می شود .
و سپس به سجود رفته و ذکر (سبحان ربى الاعلى و بحمده) نیز هفت مرتبه، پشت سر هم تکرار می شود .
رکعت دوم را نیز به همین ترتیب خوانده، چون نماز به پایان برسد و سلام داده شود، یک بار گفته می شود (لا اله الا الله) و به دنبال آن تسبیحات حضرت زهرا علیها السلام خوانده شود وبعد از آن به سجده رفته و صد بار بگویند: (اللهم صل على محمد و آل محمد) .
امام زمان علیه السلام فرمودند: هر که این دو رکعت نماز را در این مکان (مسجد مقدس جمکران) بخواند مانند آن است که دو رکعت نماز در کعبه خوانده باشد .
شیخ عباس قمی- مفاتیح الجنان