طبق استدلالات محکم فلسفی , مبدأ همه موجودات خداوند یکتاست. این مسئله از مسائلی است که تحت عنوان « توحید در خالقیت » در مباحث اعتقادی مطرح شده و بصورت مستدل اثبات شده است. علاوه بر استدلالات محکم عقلی, آیات متعددی هم وجود دارند که صریحاً به این مطلب اشاره می کنند که به برخی از آنان اشاره می کنیم:
1. قل الله خالق کل شی1 « بگو اوست آفریننده همه چیزها »
2. ذلکم الله ربکم لا اله الا هو خالق کل شی فاعبده2 « اوست خدای شما جز او خدائی نیست آفریننده همه چیز اوست. » قرآن نه تنها خدا را آفریننده همه موجودات و همه نوع مظاهر هستی معرفی می کند بلکه جهان هستی را سرا پا خیر و زیبائی که هر چیزی به جای خود زیبا آفریده شده است , معرفی می نماید. الذی احسن کل شی خلقه3 « آنکسی که هر چه آفرید نیکویش آفرید. »
بنابراین با توجه به این آیات، پاسخ به این شبهه قابل حل است که نه تنها میکروب بیماری های خطرناک, تحت اراده و مشیت خداوند است و  همچون سایر موجودات هستی, بواسطه علل و اسباب طولی, آفرینش آنها به خداوند بازگشت پیدا می کند، بلکه این قبیل موجودات را همچون سایر پدیده های عالم به نیکوئی و کمال آفریده است. این میکروبها نه تنها موجودات بدی نیستند، بلکه در جای خود موجودات خوبی هستند.
طرح چنین سؤالی شاید بدین علت بوده است که چنین موجودات خطرناکی با اینکه سلامتی انسانها را به خطر می اندازند، چطور می توانند مخلوق خداوند باشند، با این که خداوند شر و بدی را خلق نمی کند؟ آیا چنین موجوداتی بد نیستند. طبق آیات قرآنی, همه موجوداتی که در جهان هستند سراپا خیر و زیبائی هستند. آیا این آیات بر چنین موجودات خطرناکی هم صدق می کنند؟
قبل از جواب دادن به این شبهه، ذکر این نکته را لازم می دانیم که میکروب بیماریهای خطرناک از مصادیق شر می باشد که در فلسفه و کلام تحت عنوان شرور، از آن بحث می شود. لذا جوابهای متعددی از این شبهه داده اند که سعی کرده ایم پاسخی که مناسب با این مصداق باشد در اینجا بیاوریم.
علت اینکه چنین موجوداتی بد به نظر می رسند این است که موجب از دست رفتن سلامتی و حیات می شوند. میکروبها ذاتاً موجودات بدی نیستند بلکه از آن جهت بد می شوند که سلامتی و ای بسا، حیات را از ما سلب می کنند. بدی در همان تلفات و از دست رفتن هاست.
در حقیقت آنچه بد است فقدان سلامتی است. بنابراین , چون این موجودات منشأ نابودی و نیستی و کمبودی و عدم اند؛ شر به حساب می آیند نقش انسان در نظام تکاملی ضروری جهان , جبران کردن کمبودها و پر کردن خلأها و ریشه کن کردن ریشه های این خلأ ها و کمبودهاست.[1] به این صورت که انسان می تواند با بالا بردن سطح آگاهی خود , ماهیت این میکروبها را شناسائی کرده و آنها را از بین برد. ثانیاً خود انسان در تولید بسیاری از این میکروبهای خطرناک نقش موثری دارد. اگر انسان استفاده درستی از طبیعت  داشته باشد، این میکروبها بوجود نمی آیند.
با مطلب فوق تنها اثبات می شود که این موجودات شر محض نیستند، بلکه از این جهت شر هستند که موجب بیماری می شوند , ولی برای اثبات جنبه خیریت و خوب  وجود این موجودات به یک استدلال دیگری نیاز هست که کمی دقیق است. آن این است که بودن این موجودات در جهان ماده نه تنها خالی از نفع نیست، بلکه برای تکامل جهان ماده لازم هم هست. تغییر پذیری ماده جهان و پدید آمدن تکامل, ناشی از تضاد است , اگر تضاد نمی بود تکامل رخ نمی داد و عالم هر لحظه نقشی تازه بازی نمی کرد و نقوش جدیدی بر صفحه هستی آشکار نمی شد. جهان طبیعت , مملو از قطع‎ها و وصلها، بریدنها و پیوند زدنها , قیچی کردن ها و دوختن هاست, و این لازمه ساختمان مخصوص این عالم است. اگر جهان, ثابت و لا یتغیر بود, مانند سرمایه های راکد می شد؛ نه سودی تولید می کرد و نه زیانی ببار می آورد.
سرمایه ای معین و مخصوص که دریک بازار به جریان می افتد, گاهی سود آوری و گاهی زیان می برد , اما اگر مجموعه سرمایه ها را در نظر بگیریم، دیگر زیانی وجود ندارد و جریان سرمایه ها حتما فزاینده است. در نظام جهان نیز به کار افتادن همه مواد جهان قطعاً سود آور است و جهان را به سوی کمال سوق می دهد. اگر موجودات جهان تضاد و ناسازگاری با همدیگر نداشتند هرگز تنوع و تکامل صورت نمی گرفت.[2] زیرا آنچه باعث تکامل می شود حرکت است و حرکت بدون این ناسازگاری ها در جهان ماده امکان پذیر نیست.
هر چند که در نتیجه این ناسازگاری، تخریب و انهدام صورت می گیرد ولی تنوع و تکامل هم در گرو این ناسازگاری است. ما می بینیم که تکامل بشر هم در گرو همین ناسازگاری هاست. اگر این جنگها نبود بشر تمدن پیدا نمی کرد. اگر این میکروبها نبودند بشر از جهت علمی تکامل پیدا نمی کرد.
نتیجه اینکه اولاً این میکروبها را خداوند آفریده است ولی آنچه خداوند آفریده است شر مطلق نیست بلکه به خاطر اینکه موجب خلأ و کمبودی از انسان می شوند آنها را شر می شمارد. از طرفی انسان می تواند این کمبودها و بیماریها را براحتی جبران کند. ثانیاً : وجود این موجودات در جهان ماده یک امر اجتناب ناپذیری است زیرا تکامل جهان ماده مرهون این موجودات ناسازگار است. زیرا ناسازگاری این موجودات باعث حرکت و فعالیت می شود.

معرفی منابع جهت مطالعه بیشتر:
1. راه خداشناسی و شناخت صفات او , صفحه 310-400 , اثر آیت الله سبحانی.
2. توحید در قرآن , آیت الله جوادی آملی.
3. تفسیر المیزان , جلد 13 صفحه 183 , علامه سید محمد حسین طباطبائی.
4. پنجاه درس اصول عقاید برای جوانان. صفحه 112-93 آیت الله مکارم شیرازی.

پی نوشت ها:
1 . رعد/ 6.
2 . انعام/ 102.
3 . سجده/ 7.
[1]. مطهری, مرتضی، مجموعه آثار, ج1, ص 152-151.
[2]. همان, ص188.